В данном случае заказчик прав, да и вы сами не отрицаете факт ошибки. Регистрационное удостоверение (в копии) входит в перечень документов, которые обязательно должны прикладываться ко второй части заявки на участие в электронном аукционе. Это требование закона в отношении товаров медицинского назначения. Оно нарушено, хотя и формально. Если при отклонении заявки заказчик сослался на нарушение ч. 6 ст. 69 и п. 3 ч. 5 ст. 66 №44-ФЗ, он воспользовался своим правом. Частичное непредставление документов (одного, на один товар) – это тоже нарушение. В вашей ситуации можно подать жалобу, но она не даст положительного результата. В закупках по 44-ФЗ всё очень строго, важно внимательно соблюдать все требования и нюансы.