Согласно закону передаваемые в электронном виде счета-фактуры и первичные бухгалтерские документы должны быть подписаны электронной подписью и должны передаваться через операторов электронного документооборота. В противном случае они не будут иметь юридическую силу, то есть их нельзя будет предъявить, например, для зачета НДС или защиты интересов организации в суде. По этой же причине нельзя организовать документооборот указанными документами с контрагентами самостоятельно, например по электронной почте, не прибегая к услугам операторов электронного документооборота.
Порядок обмена иными документами не регламентирован, стороны могут определить его сами. Но только обмен документами через операторов электронного документооборота обеспечивает их безусловную конфиденциальность и юридическую значимость, а также позволяет точно установить дату отправки и получения документов при спорах.